Desde 2011, o BNDES, junto com a Financiadora de Estudos e Projetos (Finep) e outros órgãos públicos, participa do Plano Inova Empresa. Esta iniciativa tem como objetivo fomentar projetos de apoio à inovação em diversos setores considerados estratégicos pelo governo federal. Por meio do Inova Empresa, são realizados planos conjuntos, que consistem em chamadas públicas para a seleção dos projetos que serão contemplados pelos mecanismos de apoio disponíveis pelo BNDES, pela Finep e pelos órgãos públicos participantes.
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