Os Fundos Setoriais de Ciência e Tecnologia, criados a partir de 1999, são instrumentos de financiamento de projetos de pesquisa, desenvolvimento e inovação no país. Há 16 Fundos Setoriais, sendo 14 relativos a setores específicos e dois transversais. Destes, um é voltado à interação universidade-empresa (FVA – Fundo Verde-Amarelo), enquanto o outro é destinado a apoiar a melhoria da infraestrutura de ICTs (Infraestrutura).
As receitas dos Fundos são oriundas de contribuições incidentes sobre o resultado da exploração de recursos naturais pertencentes à União, parcelas do Imposto sobre Produtos Industrializados (IPI) de certos setores e de Contribuição de Intervenção no Domínio Econômico (CIDE) incidente sobre os valores que remuneram o uso ou aquisição de conhecimentos tecnológicos/transferência de tecnologia do exterior.
Os Fundos Setoriais foram criados na perspectiva de serem fontes complementares de recursos para financiar o desenvolvimento de setores estratégicos para o país. O modelo de gestão concebido para os Fundos é baseado na existência de Comitês Gestores, um para cada Fundo. Os Comitês Gestores têm a prerrogativa legal de definir as diretrizes, ações e planos de investimentos dos Fundos. Este modelo, ao mesmo tempo em que possibilita a participação de amplos setores da sociedade nas decisões sobre as aplicações dos recursos dos Fundos, permite, ainda, a gestão compartilhada de planejamento, concepção, definição e acompanhamento das ações de C,T&I.
Desde sua implementação, os Fundos Setoriais têm se constituído no principal instrumento do governo federal para alavancar o sistema de C,T&I brasileiro. Eles têm possibilitado a implantação de novos projetos em ICTs, que objetivam não somente a geração de conhecimento, mas também sua transferência para empresas. Projetos em parceria têm estimulado maior investimento em inovação tecnológica por parte das empresas, contribuindo para melhorar seus produtos e processos e também equilibrar a relação entre investimentos públicos e privados em ciência e tecnologia.
As leis de criação de cada Fundo estabelecem as finalidades, as fontes de recursos e a sua destinação ao FNDCT:
• CT-Aero (Lei de referência 10.332/01) – estimula investimentos em P&D para garantir a competitividade no setor
• CT-Agro (Lei de referência 10.332/01) – estimula a capacitação científica e tecnológica em agronomia, veterinária e outras atividades prioritárias
• CT-Amazônia (Lei de referência 10.176/01) – estimula atividades de P&D das empresas de informática da Zona Franca de Manaus
• CT-Aquaviário (Lei de referência 10.893/04) – estimula projetos de P&D de inovações tecnológicas no transporte aquaviário
• CT-Biotec (Lei de referência 10.332/01) – estimula pesquisa e inovação no setor de biotecnologia
• CT-Energia (Lei de referência 9.991/00) – estimula programas e projetos na área de energia, especialmente eficiência energética no uso final
• CT-Espacial (Lei de referência 9.994/00) – estimula P&D da tecnologia espacial na geração de produtos e serviços
• CT-Hidro (Lei de referência 9.993/00) – financia estudo e projetos na área de recursos hídricos
• CT-Info (Lei de referência 10.176/01) – estimula o desenvolvimento e a produção de bens e serviços de informática e automação
• CT-Infra (Lei de referência 10.197/00) – estimula a modernização e ampliação da infraestrutura e dos serviços de apoio à pesquisa em instituições públicas de ensino superior e de pesquisas brasileiras
• CT-Mineral (Lei de referência 9.993/00) – estimula o desenvolvimento e a difusão de tecnologia intermediária nas pequenas e médias empresas visando projetos voltados à pesquisa técnico científica de suporte à exportação mineral
• CT-Petro (Lei de referência 9.478/97) – estimula a inovação na cadeia do petróleo e gás natural, o desenvolvimento de projetos de parceria entre empresas e universidades, instituições de ensino superior ou centros de pesquisa
• CT-Saúde (Lei de referência 10.332/01) – estimula a capacitação tecnológica na área de interesse do SUS, a atualização da indústria de equipamentos médico hospitalares, e as tecnologias que ampliem o acesso à saúde
• CT-Transporte (Lei de referência 9.992/00) – estimula o investimento em P&D em engenharia civil, engenharia de transportes e outras áreas do setor de transporte rodoviário de passageiros e de carga no Brasil
• FUNTTEL (Lei de referência 10.052/00) – estimula inovação tecnológica, capacitação de recursos humanos, geração de empregos e acesso de pequenas e médias empresas do setor de telecomunicações
• Verde-Amarelo (Lei de referência 10.168/00 e 10.332/01) – estimula a cooperação tecnológica entre universidades, centros de pesquisa e setor produtivo, as ações e os programas que consolidem uma cultura empreendedora e de investimento de risco