Por meio do Apoio a Projetos Cooperativos com Grandes Empresas, a FAPESB busca, em conformidade com o que se estabelece a Lei de Inovação da Bahia, intensificar as conexões entre pesquisadores de instituições de ensino superior e de pesquisa, públicas ou privadas, localizadas no Estado da Bahia, com pesquisadores de empresas. Para tanto, a Fundação associa-se a empresas que tenham interesse e visão para buscar projetos de pesquisa, realizados em universidades e institutos de pesquisa, de natureza exploratória, e que tratem de temas relevantes para sua estratégia de desenvolvimento científico e tecnológico. Entende-se que esta modalidade de ação cria condições para que a pesquisa e desenvolvimento (P&D), feita por empresas localizadas na Bahia ou não, tenha pontos de contato e beneficie-se da complementaridade com novas ideias que circulam em universidades e institutos de pesquisa baianos.
A última chamada de Apoio a Projetos Cooperativos foi realizada com BRASKEM/IDEOM, em 2011.