A FUNCAP é de direito público e com autonomia administrativo e financeira. Está vinculada funcionalmente à Secretaria da Ciência, Tecnologia e Educação Superior do Estado do Ceará (Secitece). A Fundação tem por finalidade o amparo à pesquisa científica e tecnológica do Estado do Ceará, em caráter autônomo ou complementar ao fomento provido pelo Sistema Federal de Ciência e Tecnologia.
Compete à Funcap estimular o desenvolvimento científico e tecnológico no Estado, por meio do incentivo e fomento à pesquisa, à formação e capacitação de recursos humanos, o fomento e desenvolvimento da tecnologia e à difusão dos conhecimentos científicos e técnicos produzidos.