A FAPESC tem por finalidade o fomento à pesquisa científica e tecnológica, para o avanço de todas as áreas do conhecimento, o equilíbrio regional, o desenvolvimento sustentável e a melhoria da qualidade de vida da população de Santa Catarina.
O apoio à pesquisa e a formação de infraestrutura científica é atendido por meio de chamadas públicas (demanda induzida) ou, excepcionalmente, por demanda espontânea, pela apresentação de projetos específicos à diretoria.