A FAPEG atua no financiamento de projetos de pesquisa científica e tecnológica; no incentivo à capacitação de recursos humanos para a ciência e tecnologia, por meio de bolsas em diversos níveis de formação; na fixação e consolidação de grupos de pesquisa científica e tecnológica; na integração entre o setor produtivo e as instituições de pesquisa e desenvolvimento; no estabelecimento de parcerias com órgãos federais de fomento à pesquisa (CNPq, FINEP, CAPES, entre outros) e na indução de programas especiais de pesquisa e inovação, com vistas ao desenvolvimento científico e tecnológico do Estado de Goiás.